+ Trường hợp đăng ký trực tiếp:
Bước 1: Nộp hồ sơ
- Khi thay đổi một hoặc một số nội dung về tên, địa chỉ, ngành, nghề sản xuất, kinh doanh, nội dung hoạt động, người đại diện chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh của liên hiệp hợp tác xã thì liên hiệp hợp tác xã gửi hồ sơ đăng ký đến Phòng Đăng ký kinh doanh, nơi đã cấp giấy chứng nhận đăng ký chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh để được cấp giấy chứng nhận đăng ký mới.
- Trường hợp thay đổi địa chỉ chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh của liên hiệp hợp tác xã sang huyện hoặc tỉnh, thành phố khác với nơi liên hiệp hợp tác xã đã đăng ký chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh thì liên hiệp hợp tác xã phải đăng ký thay đổi tại Phòng Đăng ký kinh doanh nơi liên hiệp hợp tác xã dự định đặt chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh mới. Sau khi cấp giấy chứng nhận đăng ký chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh mới cho liên hiệp hợp tác xã, Phòng Đăng ký kinh doanh nơi liên hiệp hợp tác xã đặt chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh mới phải gửi bản sao giấy chứng nhận đăng ký chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh đã cấp mới cho liên hiệp hợp tác xã đến Phòng Đăng ký kinh doanh trước đây liên hiệp hợp tác xã đã đăng ký chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh.
- Trường hợp đăng ký thay đổi nội dung đăng ký chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh của liên hiệp hợp tác xã ở nước ngoài thì liên hiệp hợp tác xã phải thực hiện theo quy định pháp luật của nước đó.

Bước 2: Tiếp nhận hồ sơ
- Hồ sơ đăng ký thay đổi nội dung đăng ký chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh của liên hiệp hợp tác xã được tiếp nhận để nhập thông tin vào Hệ thống thông tin quốc gia về đăng ký hợp tác xã khi:
+ Có đủ giấy tờ theo quy định;
+ Thông tin của chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh của liên hiệp hợp tác xã đã được kê khai đầy đủ vào các giấy tờ trong hồ sơ đăng ký thay đổi nội dung đăng ký chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh của liên hiệp hợp tác xã theo quy định;
+ Có địa chỉ liên lạc của người nộp hồ sơ đăng ký thay đổi nội dung đăng ký chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh của liên hiệp hợp tác xã;
+ Đã nộp lệ phí đăng ký kinh doanh theo quy định.
- Sau khi tiếp nhận hồ sơ đăng ký thay đổi nội dung đăng ký chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh của liên hiệp hợp tác xã, Phòng Đăng ký kinh doanh trao Giấy biên nhận về việc nhận hồ sơ cho người nộp hồ sơ.

Bước 3: Xử lý hồ sơ
- Trường hợp hồ sơ hợp lệ, Phòng Đăng ký kinh doanh thực hiện việc đăng ký thay đổi nội dung đăng ký của chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh của liên hiệp hợp tác xã, cấp giấy chứng nhận đăng ký mới cho chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh của liên hiệp hợp tác xã.
- Liên hiệp hợp tác xã phải nộp lại bản gốc giấy chứng nhận đăng ký chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh cũ khi được cấp giấy đăng ký mới.

+ Trường hợp đăng ký qua mạng điện tử sử dụng chữ ký số công cộng (trong trường hợp được ứng dụng):
Bước 1: Nộp hồ sơ
- Người có thẩm quyền ký văn bản hoặc người đại diện theo ủy quyền kê khai thông tin, tải văn bản điện tử, ký số vào hồ sơ đăng ký điện tử theo quy trình trên Hệ thống thông tin quốc gia về đăng ký hợp tác xã.
- Trường hợp người được cá nhân có thẩm quyền ký văn bản đề nghị đăng ký thay đổi theo quy định ủy quyền thực hiện thủ tục liên quan đến đăng ký thay đổi tên, địa chỉ, ngành, nghề sản xuất, kinh doanh, nội dung hoạt động, người đại diện chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh của liên hiệp hợp tác xã thì người được ủy quyền kê khai thông tin, tải văn bản điện tử, ký số vào hồ sơ đăng ký điện tử theo quy trình trên Hệ thống thông tin quốc gia về đăng ký hợp tác xã.

Bước 2: Tiếp nhận hồ sơ
- Hồ sơ đăng ký thay đổi tên, địa chỉ, ngành, nghề sản xuất, kinh doanh, nội dung hoạt động, người đại diện chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh của liên hiệp hợp tác xã qua mạng điện tử hợp lệ khi đảm bảo đầy đủ các yêu cầu sau: (1) Có đầy đủ các giấy tờ và nội dung các giấy tờ đó được kê khai đầy đủ theo quy định như hồ sơ bằng bản giấy và được chuyển sang dạng văn bản điện tử. Tên văn bản điện tử phải được đặt tương ứng với tên loại giấy tờ trong hồ sơ bằng bản giấy; (2) Các thông tin đăng ký thay đổi được nhập đầy đủ và chính xác theo thông tin trong các văn bản điện tử; (3) Hồ sơ đăng ký thay đổi qua mạng điện tử phải được xác thực bằng chữ ký số công cộng của một trong các chủ thể sau đây: (3a) Cá nhân có thẩm quyền ký văn bản đề nghị đăng ký thay đổi theo quy định; (3b) Người được cá nhân có thẩm quyền ký văn bản đề nghị đăng ký thay đổi theo quy định ủy quyền thực hiện thủ tục liên quan đến đăng ký thay đổi tên, địa chỉ, ngành, nghề sản xuất, kinh doanh, nội dung hoạt động, người đại diện chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh của liên hiệp hợp tác xã.
- Trường hợp được ủy quyền thì phải có thêm giấy tờ sau: (1) bản sao hợp lệ một trong các giấy tờ chứng thực cá nhân (Thẻ căn cước công dân hoặc Chứng minh nhân dân hoặc Hộ chiếu Việt Nam còn hiệu lực đối với công dân Việt Nam; Hộ chiếu nước ngoài hoặc giấy tờ có giá trị thay thế hộ chiếu nước ngoài còn hiệu lực đối với người nước ngoài); (2) Bản sao hợp lệ hợp đồng cung cấp dịch vụ với tổ chức làm dịch vụ nộp hồ sơ, nhận kết quả và giấy giới thiệu của tổ chức đó cho cá nhân thực hiện nộp hồ sơ, nhận kết quả; hoặc Văn bản ủy quyền cho cá nhân thực hiện nộp hồ sơ, nhận kết quả theo quy định của pháp luật. Văn bản này không bắt buộc phải công chứng, chứng thực.
- Thời hạn để liên hiệp hợp tác xã sửa đổi, bổ sung hồ sơ đăng ký thay đổi qua mạng điện tử là 60 ngày kể từ ngày Phòng Đăng ký kinh doanh ra Thông báo yêu cầu sửa đổi, bổ sung hồ sơ. Sau thời hạn nêu trên, nếu không nhận được hồ sơ sửa đổi, bổ sung, Phòng Đăng ký kinh doanh sẽ hủy hồ sơ đăng ký thay đổi theo quy trình trên Hệ thống thông tin quốc gia về đăng ký hợp tác xã.
- Sau khi hoàn thành việc gửi hồ sơ đăng ký, cá nhân có thẩm quyền đăng ký hoặc người được cá nhân có thẩm quyền ký ủy quyền sẽ nhận được Giấy biên nhận hồ sơ đăng ký thay đổi qua mạng điện tử.

Bước 3: Xử lý hồ sơ
- Trường hợp hồ sơ chưa hợp lệ, Phòng Đăng ký kinh doanh gửi thông báo qua mạng điện tử cho cá nhân có thẩm quyền ký hoặc người được cá nhân có thẩm quyền ký ủy quyền để yêu cầu sửa đổi, bổ sung hồ sơ.
- Phòng Đăng ký kinh doanh cấp Giấy chứng nhận đăng ký chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh của liên hiệp hợp tác xã trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày nhận được hồ sơ hợp lệ. Liên hiệp hợp tác xã phải nộp hồ sơ bằng văn bản khi nhận giấy chứng nhận đăng ký để đối chiếu và lưu hồ sơ.
- Nếu không thực hiện đăng ký thay đổi nội dung đăng ký chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh của liên hiệp hợp tác xã thì Phòng Đăng ký kinh doanh thông báo bằng văn bản và nêu rõ lý do cho liên hiệp hợp tác xã biết.