a) Nộp hồ sơ TTHC:
- Thuyền trưởng lập hồ sơ đề nghị xác nhận việc trình kháng nghị đến cơ quan có thẩm quyền xác nhận việc trình kháng nghị hàng hải.
- Cơ quan có thẩm quyền bao gồm:
+ Cơ quan nhà nước có thẩm quyền xác nhận việc trình kháng nghị hàng hải tại Việt Nam là Cảng vụ hàng hải hoặc Đại diện Cảng vụ hàng hải hoặc Ủy ban nhân dân cấp xã nơi gần nhất.
+ Cơ quan nhà nước có thẩm quyền xác nhận việc trình kháng nghị hàng hải ở nước ngoài là cơ quan đại diện của Việt Nam nơi gần nhất hoặc cơ quan, tổ chức có thẩm quyền của quốc gia nơi tàu thuyền hoạt động
b) Giải quyết TTHC:
- Cơ quan có thẩm quyền tiếp nhận hồ sơ, kiểm tra sự phù hợp của hồ sơ. Trường hợp hồ sơ chưa phù hợp, chậm nhất 30 phút, kể từ khi nhận được hồ sơ, cơ quan có thẩm quyền hướng dẫn thuyền trưởng hoàn thiện hồ sơ theo quy định. Trường hợp không chấp thuận phải trả lời cho người làm thủ tục và nêu rõ lý do.
- Trong thời hạn không quá 01 giờ đối với Cảng vụ hàng hải, Đại diện Cảng vụ hàng hải và 03 giờ đối với các cơ quan có thẩm quyền khác, kể từ khi đã nhận đủ các giấy tờ hợp lệ, cơ quan có thẩm quyền xác nhận việc trình kháng nghị hàng hải.
- Cơ quan xác nhận việc trình kháng nghị hàng hải tiến hành lưu hồ sơ và gửi trả cho thuyền trưởng các bản kháng nghị hàng hải còn lại đã được xác nhận.