Trình tự này áp dụng cho trường hợp cấp Giấy chứng nhận lần đầu và cấp lại do Giấy chứng nhận đã được cấp hết hiệu lực. Trước thời hạn hết hiệu lực của Giấy chứng nhận 30 ngày, tổ chức, cá nhân phải nộp hồ sơ đề nghị cấp lại Giấy chứng nhận trong trường hợp tiếp tục đầu tư trồng cây thuốc lá. Hồ sơ, thẩm quyền, trình tự, thủ tục cấp lại do Giấy chứng nhận hết hiệu lực như đối với trường hợp cấp lần đầu.
Doanh nghiệp đầu tư trồng cây thuốc lá nộp 01 bộ hồ sơ đề nghị cấp Giấy chứng nhận đủ điều kiện đầu tư trồng cây thuốc lá cho Sở Công Thương
Trong thời hạn 10 ngày làm việc kể từ ngày nhận đủ hồ sơ hợp lệ, Sở Công Thương xem xét và cấp Giấy chứng nhận đủ điều kiện đầu tư trồng cây thuốc lá, Giấy phép mua bán nguyên liệu thuốc lá. Trường hợp doanh nghiệp không đáp ứng được điều kiện theo quy định, Sở Công Thương sẽ có văn bản trả lời từ chối cấp phép và nêu rõ lý do
Trường hợp chưa đủ hồ sơ hợp lệ, trong vòng 05 ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ, Sở Công Thương có văn bản yêu cầu doanh nghiệp bổ sung